Muchas especies, debido a su forma de vida y peculiaridad, no pueden ser exhibidas vivas. El Oceanario Islas del Rosario posee un instructivo museo donde se exhibe y se imparte información sobre su ecología.

Diversidad de algas, esponjas, corales, moluscos, crustáceos, peces, reptiles y mamíferos marinos se presentan en este museo a través de colecciones, dioramas y pancartas informativas, ilustrando los principales ecosistemas del área. Tambien se indican aquí las posibles acciones que pueden constribuir a su conservación.